Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto berdiri tanggal 8 November 1979 berdasarkan SK Menteri Agama RI nomor B.II/1/11.614/1979. Bersamaan dengan itu beberapa fasilitas sudah dimiliki, salah satunya adalah perpustakaan. Sejak pertama ada, gedung perpustakaan mengalami beberapa kali perpindahan. Namun pada tahun 2010 madrasah membangun gedung yang secara khusus digunakan untuk perpustakaan dengan lokasi yang strategis berada di ditengah-tengah area sekolah dengan luas 90 m2.
Sejak berdiri pertama perpustakaan telah mengalami pergantian pimpinan. Seluruh pimpinan mendukung kebijakan-kebijakan untuk memajukan dan mewujudkan perpustakaan sebagai jantung madrasah. Setiap tahun perpustakaan membuat program kerja dan rencana anggaran belanja untuk kemajuan perpustakaan. Program diutamakan pada penambahan jumlah koleksi (cetak dan elektronik). Selain itu perpustakaan juga terus melakukan inovasi pelayanan melalui pemanfaatan teknologi yang semakin canggih.
Sejak 2015 perpustakaan melakukan otomasi dengan memanfaatkan software perpustakaan yang berbasis free dan open source seperti SLiMS. Saat ini Perpustakaan MAN 1 Mojokerto juga sudah dapat diakses secara online dan dapat dimanfaatkan oleh seluruh guru, staf dan siswa mengakses koleksi elektronik. Tujuan dari pada penggunaan software perpustakaan adalah untuk dapat mengorganisasi koleksi perpustakaan agar dapat terdistribusi kepada pengguna dengan cepat dan tepat.